Merge pull request #63 from jannittayao/main

add Cpx(HGP) to perplex_common_name
brenhinkeller · Feb 27, 2024 · dacacf4 · dacacf4
2 parents 6d1562c + 9344257
commit dacacf4
Showing 1 changed file with 2 additions and 2 deletions.
diff --git a/src/utilities/Geochemistry.jl b/src/utilities/Geochemistry.jl
@@ -2023,8 +2023,8 @@
     export perplex_abbreviate_name
 
     function perplex_common_name(name)
-        abbreviations = ("ak", "alm", "and", "andr", "chum", "cz", "crd", "ep", "fa", "fctd", "fcrd", "fep", "fosm", "fst", "fo", "geh", "gr", "hcrd", "tpz", "ky", "larn", "law", "merw", "mctd", "mst", "mnctd", "mncrd", "mnst", "mont", "osm1", "osm2", "phA", "pump", "py", "rnk", "sill", "spss", "sph", "spu", "teph", "ty", "vsv", "zrc", "zo", "acm", "cats", "di", "en", "fs", "hed", "jd", "mgts", "pswo", "pxmn", "rhod", "wo", "anth", "cumm", "fanth", "fgl", "ftr", "ged", "gl", "grun", "parg", "rieb", "tr", "ts", "deer", "fcar", "fspr", "mcar", "spr4", "spr7", "ann", "cel", "east", "fcel", "ma", "mnbi", "mu", "naph", "pa", "phl", "afchl", "ames", "clin", "daph", "fsud", "mnchl", "sud", "atg", "chr", "fta", "kao", "pre", "prl", "ta", "tats", "ab", "anl", "an", "coe", "crst", "heu", "abh", "kals", "lmt", "lc", "me", "mic", "ne", "q", "san", "stlb", "stv", "trd", "wrk", "bdy", "cor", "geik", "hem", "herc", "ilm", "oilm", "lime", "mft", "mt", "mang", "bunsn", "per", "pnt", "ru", "sp", "usp", "br", "dsp", "gth", "ank", "arag", "cc", "dol", "mag", "rhc", "sid", "diam", "gph", "iron", "Ni", "CO2", "CO", "H2", "CH4", "O2", "H2O", "abL", "anL", "diL", "enL", "faL", "fliq", "foL", "h2oL", "hliq", "kspL", "mliq", "qL", "silL", "H+", "Cl-", "OH-", "Na+", "K+", "Ca++", "Mg++", "Fe++", "Al+++", "CO3", "AlOH3", "AlOH4-", "KOH", "HCL", "KCL", "NaCl", "CaCl2", "CaCl+", "MgCl2", "MgCl", "FeCl2", "aqSi", "Aqfl(HGP)", "Augite(G)", "Cpx(JH)", "Cpx(l)", "Cpx(h)", "Cpx(stx)", "Cpx(stx7)", "Omph(HP)", "Cpx(HP)", "Cpx(m)", "Cpx(stx8)", "Cps(HGP)", "Omph(GHP)", "cAmph(G)", "Cumm", "Gl", "Tr", "GlTrTsPg", "Amph(DHP)", "Amph(DPW)", "Ca-Amph(D)", "Na-Amph(D)", "Act(M)", "GlTrTsMr", "cAmph(DP)", "melt(HGPH)", "melt(G)", "melt(W)", "melt(HP)", "melt(HGP)", "pMELTS(G)", "mMELTS(G)", "LIQ(NK)", "LIQ(EF)", "Chl(W)", "Chl(HP)", "Chl(LWV)", "O(HGP)","O(JH)", "O(SG)", "O(HP)", "O(HPK)", "O(stx)", "O(stx7)", "Ol(m)", "O(stx8)", "Sp(HGP)", "Sp(JH)", "GaHcSp", "Sp(JR)", "Sp(GS)", "Sp(HP)", "Sp(stx)", "CrSp", "Sp(stx7)", "Sp(WPC)", "Sp(stx8)", "Pl(JH)", "Pl(h)", "Pl(stx8)", "Kf", "San", "San(TH)", "Gt(HGP)", "Grt(JH)", "Gt(W)", "CrGt", "Gt(MPF)", "Gt(B)", "Gt(GCT)", "Gt(HP)", "Gt(EWHP)", "Gt(WPH)", "Gt(stx)", "Gt(stx8)", "Gt(WPPH)", "ZrGt(KP)", "Maj", "Opx(HGP)", "Opx(JH)", "Opx(W)", "Opx(HP)", "CrOpx(HP)", "Opx(stx)", "Opx(stx8)", "Mica(W)", "Pheng(HP)", "MaPa", "Mica(CF)", "Mica(CHA1)", "Mica(CHA)", "Mica+(CHA)", "Mica(M)", "Mica(SGH)", "Ctd(W)", "Ctd(HP)", "Ctd(SGH)", "St(W)", "St(HP)", "Bi(HGP)", "Bi(W)", "Bio(TCC)", "Bio(WPH)", "Bio(HP)", "Crd(W)", "hCrd", "Sa(WP)", "Sapp(HP)", "Sapp(KWP)", "Sapp(TP)", "Osm(HP)", "F", "F(salt)", "COH-Fluid", "Aq_solven0", "WADDAH", "T", "Scap", "Carp", "Carp(M)", "Carp(SGH)", "Sud(Livi)", "Sud", "Sud(M)", "Anth", "o-Amph", "oAmph(DP)", "feldspar", "feldspar_B", "Pl(I1,HP)", "Fsp(C1)", "Do(HP)", "M(HP)", "Do(AE)", "Cc(AE)", "oCcM(HP)", "Carb(M)", "oCcM(EF)", "dis(EF)", "IlHm(A)", "IlGkPy", "Ilm(WPH)", "Ilm(WPH0)", "Neph(FB)", "Chum", "Atg(PN)", "B", "Pu(M)", "Stlp(M)", "Wus",)
-        common_names = ("akermanite", "almandine", "andalusite", "andradite", "clinohumite", "clinozoisite", "cordierite", "epidote", "fayalite", "Fe-chloritoid", "Fe-cordierite", "Fe-epidote", "Fe-osumilite", "Fe-staurolite", "forsterite", "gehlenite", "grossular", "hydrous cordierite", "hydroxy-topaz", "kyanite", "larnite", "lawsonite", "merwinite", "Mg-chloritoid", "Mg-staurolite", "Mn-chloritoid", "Mn-cordierite", "Mn-staurolite", "monticellite", "osumilite(1)", "osumilite(2)", "phase A", "pumpellyite", "pyrope", "rankinite", "sillimanite", "spessartine", "sphene", "spurrite", "tephroite", "tilleyite", "vesuvianite", "zircon", "zoisite", "acmite", "Ca-tschermakite", "diopside", "enstatite", "ferrosilite", "hedenbergite", "jadeite", "Mg-tschermakite", "pseudowollastonite", "pyroxmangite", "rhodonite", "wollastonite", "anthophyllite", "cummingtonite", "Fe-anthophyllite", "Fe-glaucophane", "ferroactinolite", "gedrite", "glaucophane", "grunerite", "pargasite", "riebeckite", "tremolite", "tschermakite", "deerite", "Fe-carpholite", "Fe-sapphirine(793)", "Mg-carpholite", "sapphirine(442)", "sapphirine(793)", "annite", "celadonite", "eastonite", "Fe-celadonite", "margarite", "Mn-biotite", "muscovite", "Na-phlogopite", "paragonite", "phlogopite", "Al-free chlorite", "amesite", "clinochlore", "daphnite", "Fe-sudoite", "Mn-chlorite", "sudoite", "antigorite", "chrysotile", "Fe-talc", "kaolinite", "prehnite", "pyrophyllite", "talc", "tschermak-talc", "albite", "analcite", "anorthite", "coesite", "cristobalite", "heulandite", "highalbite", "kalsilite", "laumontite", "leucite", "meionite", "microcline", "nepheline", "quartz", "sanidine", "stilbite", "stishovite", "tridymite", "wairakite", "baddeleyite", "corundum", "geikielite", "hematite", "hercynite", "ilmenite", "ilmenite(ordered)", "lime", "magnesioferrite", "magnetite", "manganosite", "nickel oxide", "periclase", "pyrophanite", "rutile", "spinel", "ulvospinel", "brucite", "diaspore", "goethite", "ankerite", "aragonite", "calcite", "dolomite", "magnesite", "rhodochrosite", "siderite", "diamond", "graphite", "iron", "nickel", "carbon dioxide", "carbon monoxide", "hydrogen", "methane", "oxygen", "water fluid", "albite liquid", "anorthite liquid", "diopside liquid", "enstatite liquid", "fayalite liquid", "Fe-liquid (in KFMASH)", "forsterite liquid", "H2O liquid", "H2O liquid (in KFMASH)", "K-feldspar liquid", "Mg liquid (in KFMASH)", "Silica liquid", "Sillimanite liquid", "H+(aq)", "Cl(aq)", "OH(aq)", "Na+(aq)", "K+(aq)", "Ca2+(aq)", "Mg2+(aq)", "Fe2+(aq)", "Al3+(aq)", "CO3--(aq)", "Al(OH)3(aq)", "Al(OH)4----(aq)", "KOH(aq)", "HCl(aq)", "KCl(aq)", "NaCl(aq)", "CaCl(aq)", "CaCl+(aq)", "MgCl2(aq)", "MgCl+(aq)", "FeCl(aq)", "Aqueous silica", "Aqueous fluid", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "chlorite", "chlorite", "chlorite", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "plagioclase", "plagioclase", "plagioclase", "k-feldspar", "k-feldspar", "k-feldspar", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "chloritoid", "chloritoid", "chloritoid", "staurolite", "staurolite", "biotite", "biotite", "biotite", "biotite", "biotite", "cordierite", "cordierite", "sapphirine", "sapphirine", "sapphirine", "sapphirine", "osumilite", "fluid", "fluid", "fluid", "fluid", "fluid", "talc", "scapolite", "carpholite", "carpholite", "carpholite", "sudoite", "sudoite", "sudoite", "orthoamphibole", "orthoamphibole", "orthoamphibole", "ternary feldspar", "ternary feldspar", "ternary feldspar", "ternary feldspar", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "ilmenite", "ilmenite", "ilmenite", "ilmenite", "nepheline", "clinohumite", "serpentine", "brucite", "pumpellyite", "stilpnomelane", "wüstite",)
+        abbreviations = ("ak", "alm", "and", "andr", "chum", "cz", "crd", "ep", "fa", "fctd", "fcrd", "fep", "fosm", "fst", "fo", "geh", "gr", "hcrd", "tpz", "ky", "larn", "law", "merw", "mctd", "mst", "mnctd", "mncrd", "mnst", "mont", "osm1", "osm2", "phA", "pump", "py", "rnk", "sill", "spss", "sph", "spu", "teph", "ty", "vsv", "zrc", "zo", "acm", "cats", "di", "en", "fs", "hed", "jd", "mgts", "pswo", "pxmn", "rhod", "wo", "anth", "cumm", "fanth", "fgl", "ftr", "ged", "gl", "grun", "parg", "rieb", "tr", "ts", "deer", "fcar", "fspr", "mcar", "spr4", "spr7", "ann", "cel", "east", "fcel", "ma", "mnbi", "mu", "naph", "pa", "phl", "afchl", "ames", "clin", "daph", "fsud", "mnchl", "sud", "atg", "chr", "fta", "kao", "pre", "prl", "ta", "tats", "ab", "anl", "an", "coe", "crst", "heu", "abh", "kals", "lmt", "lc", "me", "mic", "ne", "q", "san", "stlb", "stv", "trd", "wrk", "bdy", "cor", "geik", "hem", "herc", "ilm", "oilm", "lime", "mft", "mt", "mang", "bunsn", "per", "pnt", "ru", "sp", "usp", "br", "dsp", "gth", "ank", "arag", "cc", "dol", "mag", "rhc", "sid", "diam", "gph", "iron", "Ni", "CO2", "CO", "H2", "CH4", "O2", "H2O", "abL", "anL", "diL", "enL", "faL", "fliq", "foL", "h2oL", "hliq", "kspL", "mliq", "qL", "silL", "H+", "Cl-", "OH-", "Na+", "K+", "Ca++", "Mg++", "Fe++", "Al+++", "CO3", "AlOH3", "AlOH4-", "KOH", "HCL", "KCL", "NaCl", "CaCl2", "CaCl+", "MgCl2", "MgCl", "FeCl2", "aqSi", "Aqfl(HGP)", "Cpx(HGP)", "Augite(G)", "Cpx(JH)", "Cpx(l)", "Cpx(h)", "Cpx(stx)", "Cpx(stx7)", "Omph(HP)", "Cpx(HP)", "Cpx(m)", "Cpx(stx8)", "Cps(HGP)", "Omph(GHP)", "cAmph(G)", "Cumm", "Gl", "Tr", "GlTrTsPg", "Amph(DHP)", "Amph(DPW)", "Ca-Amph(D)", "Na-Amph(D)", "Act(M)", "GlTrTsMr", "cAmph(DP)", "melt(HGPH)", "melt(G)", "melt(W)", "melt(HP)", "melt(HGP)", "pMELTS(G)", "mMELTS(G)", "LIQ(NK)", "LIQ(EF)", "Chl(W)", "Chl(HP)", "Chl(LWV)", "O(HGP)","O(JH)", "O(SG)", "O(HP)", "O(HPK)", "O(stx)", "O(stx7)", "Ol(m)", "O(stx8)", "Sp(HGP)", "Sp(JH)", "GaHcSp", "Sp(JR)", "Sp(GS)", "Sp(HP)", "Sp(stx)", "CrSp", "Sp(stx7)", "Sp(WPC)", "Sp(stx8)", "Pl(JH)", "Pl(h)", "Pl(stx8)", "Kf", "San", "San(TH)", "Gt(HGP)", "Grt(JH)", "Gt(W)", "CrGt", "Gt(MPF)", "Gt(B)", "Gt(GCT)", "Gt(HP)", "Gt(EWHP)", "Gt(WPH)", "Gt(stx)", "Gt(stx8)", "Gt(WPPH)", "ZrGt(KP)", "Maj", "Opx(HGP)", "Opx(JH)", "Opx(W)", "Opx(HP)", "CrOpx(HP)", "Opx(stx)", "Opx(stx8)", "Mica(W)", "Pheng(HP)", "MaPa", "Mica(CF)", "Mica(CHA1)", "Mica(CHA)", "Mica+(CHA)", "Mica(M)", "Mica(SGH)", "Ctd(W)", "Ctd(HP)", "Ctd(SGH)", "St(W)", "St(HP)", "Bi(HGP)", "Bi(W)", "Bio(TCC)", "Bio(WPH)", "Bio(HP)", "Crd(W)", "hCrd", "Sa(WP)", "Sapp(HP)", "Sapp(KWP)", "Sapp(TP)", "Osm(HP)", "F", "F(salt)", "COH-Fluid", "Aq_solven0", "WADDAH", "T", "Scap", "Carp", "Carp(M)", "Carp(SGH)", "Sud(Livi)", "Sud", "Sud(M)", "Anth", "o-Amph", "oAmph(DP)", "feldspar", "feldspar_B", "Pl(I1,HP)", "Fsp(C1)", "Do(HP)", "M(HP)", "Do(AE)", "Cc(AE)", "oCcM(HP)", "Carb(M)", "oCcM(EF)", "dis(EF)", "IlHm(A)", "IlGkPy", "Ilm(WPH)", "Ilm(WPH0)", "Neph(FB)", "Chum", "Atg(PN)", "B", "Pu(M)", "Stlp(M)", "Wus",)
+        common_names = ("akermanite", "almandine", "andalusite", "andradite", "clinohumite", "clinozoisite", "cordierite", "epidote", "fayalite", "Fe-chloritoid", "Fe-cordierite", "Fe-epidote", "Fe-osumilite", "Fe-staurolite", "forsterite", "gehlenite", "grossular", "hydrous cordierite", "hydroxy-topaz", "kyanite", "larnite", "lawsonite", "merwinite", "Mg-chloritoid", "Mg-staurolite", "Mn-chloritoid", "Mn-cordierite", "Mn-staurolite", "monticellite", "osumilite(1)", "osumilite(2)", "phase A", "pumpellyite", "pyrope", "rankinite", "sillimanite", "spessartine", "sphene", "spurrite", "tephroite", "tilleyite", "vesuvianite", "zircon", "zoisite", "acmite", "Ca-tschermakite", "diopside", "enstatite", "ferrosilite", "hedenbergite", "jadeite", "Mg-tschermakite", "pseudowollastonite", "pyroxmangite", "rhodonite", "wollastonite", "anthophyllite", "cummingtonite", "Fe-anthophyllite", "Fe-glaucophane", "ferroactinolite", "gedrite", "glaucophane", "grunerite", "pargasite", "riebeckite", "tremolite", "tschermakite", "deerite", "Fe-carpholite", "Fe-sapphirine(793)", "Mg-carpholite", "sapphirine(442)", "sapphirine(793)", "annite", "celadonite", "eastonite", "Fe-celadonite", "margarite", "Mn-biotite", "muscovite", "Na-phlogopite", "paragonite", "phlogopite", "Al-free chlorite", "amesite", "clinochlore", "daphnite", "Fe-sudoite", "Mn-chlorite", "sudoite", "antigorite", "chrysotile", "Fe-talc", "kaolinite", "prehnite", "pyrophyllite", "talc", "tschermak-talc", "albite", "analcite", "anorthite", "coesite", "cristobalite", "heulandite", "highalbite", "kalsilite", "laumontite", "leucite", "meionite", "microcline", "nepheline", "quartz", "sanidine", "stilbite", "stishovite", "tridymite", "wairakite", "baddeleyite", "corundum", "geikielite", "hematite", "hercynite", "ilmenite", "ilmenite(ordered)", "lime", "magnesioferrite", "magnetite", "manganosite", "nickel oxide", "periclase", "pyrophanite", "rutile", "spinel", "ulvospinel", "brucite", "diaspore", "goethite", "ankerite", "aragonite", "calcite", "dolomite", "magnesite", "rhodochrosite", "siderite", "diamond", "graphite", "iron", "nickel", "carbon dioxide", "carbon monoxide", "hydrogen", "methane", "oxygen", "water fluid", "albite liquid", "anorthite liquid", "diopside liquid", "enstatite liquid", "fayalite liquid", "Fe-liquid (in KFMASH)", "forsterite liquid", "H2O liquid", "H2O liquid (in KFMASH)", "K-feldspar liquid", "Mg liquid (in KFMASH)", "Silica liquid", "Sillimanite liquid", "H+(aq)", "Cl(aq)", "OH(aq)", "Na+(aq)", "K+(aq)", "Ca2+(aq)", "Mg2+(aq)", "Fe2+(aq)", "Al3+(aq)", "CO3--(aq)", "Al(OH)3(aq)", "Al(OH)4----(aq)", "KOH(aq)", "HCl(aq)", "KCl(aq)", "NaCl(aq)", "CaCl(aq)", "CaCl+(aq)", "MgCl2(aq)", "MgCl+(aq)", "FeCl(aq)", "Aqueous silica", "Aqueous fluid", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinopyroxene", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "clinoamphibole", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "melt", "chlorite", "chlorite", "chlorite", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "olivine", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "spinel", "plagioclase", "plagioclase", "plagioclase", "k-feldspar", "k-feldspar", "k-feldspar", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "garnet", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "orthopyroxene", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "white mica", "chloritoid", "chloritoid", "chloritoid", "staurolite", "staurolite", "biotite", "biotite", "biotite", "biotite", "biotite", "cordierite", "cordierite", "sapphirine", "sapphirine", "sapphirine", "sapphirine", "osumilite", "fluid", "fluid", "fluid", "fluid", "fluid", "talc", "scapolite", "carpholite", "carpholite", "carpholite", "sudoite", "sudoite", "sudoite", "orthoamphibole", "orthoamphibole", "orthoamphibole", "ternary feldspar", "ternary feldspar", "ternary feldspar", "ternary feldspar", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "calcite", "ilmenite", "ilmenite", "ilmenite", "ilmenite", "nepheline", "clinohumite", "serpentine", "brucite", "pumpellyite", "stilpnomelane", "wüstite",)
         t = name .== abbreviations
         if any(t)
             common_names[findfirst(t)]